Tajemniczy ogród to zapomniany, zamknięty od wielu lat i zaniedbany zakątek ogromnego parku, otaczającego posiadłość stryja głównej bohaterki, Mary Lennox, pana Cravena. To także miejsce magiczne i pełne czarownego blasku; miejsce, które staje się azylem dla dziesięcioletniej sieroty Mary. Dziewczynka ucieka tam zawsze wtedy, kiedy czuje się samotna i nikomu niepotrzebna. Ogród wraz z nią przeżywa niezwykłą metamorfozę: zaniedbane kwiaty zaczynają kwitnąć i czarować swoim pięknem. Miejsce to odkrywa przed Mary bolesne sekrety jej zgorzkniałego stryja i posiadłości, która wcale nie jest taka pusta, jak wcześniej myślała dziewczynka. Natura staje się sprzymierzeńcem bohaterów w ich walce o odzyskanie siebie i utraconego dzieciństwa.