Józef Jakubowski urodził się w dawnym województwie krakowskim dnia 30 listopada 1743 roku . Szczegóły z pierwszych lat życia są nam zupełnie nieznane. Wiemy tylko tyle, że szkołę średnią ukończył w Kolegium OO. Pijarów w Rzeszowie. Istniało ono od r. 1658, założone przez księcia Jerzego Sebastiana Lubomirskiego . Do kolegium tego uczęszczali prawie wyłącznie synowie magnatów i szlachty. Toteż nic dziwnego, że Kazimierz Jakubowski obu swych synów, Józefa i Wincentego, kształcił w znanym i najbliżej położonym kolegium pijarskim w Rzeszowie. Nie znamy dokładnych dat pobytu Józefa w Rzeszowie, bowiem w gimnazjum rzeszowskim nie zachowały się żadne dokumenty z tego okresu. Można przypuszczać, że studiował w kolegium za czasów rektora ks. Stefana Staniewskiego, albo mógł skończyć je za prefekta ks. Marcina Moszczeńskiego, który urząd ten sprawował około r. 1760.