Za namową wzmacniających swoją potęgę Chin, które rozpaczliwie potrzebują nowych źródeł energii, Maceo Encarnacion, meksykański baron narkotykowy, wchodzi w układ z Ben Davidem, pułkownikiem Mossadu, który nadzoruje pracę tajnego ośrodka badawczego w Libanie. Izraelczycy doskonalą tam SILEX - metodę szybkiego uzyskiwania paliw nuklearnych i materiałów wykorzystywanych do produkcji broni jądrowej. Na trop ich układu wpada Rebeka, agentka Mossadu, która, nie ufając swoim przełożonym, postanawia sama zająć się sprawą. Spotyka Jasona Bourne'a, którego poznała podczas poprzedniej misji, i razem tropią zamieszanych w aferę.