W letni świt 1945 roku dziesięcioletni Daniel Sempere zostaje zaprowadzony przez ojca, księgarza i antykwariusza, do niezwykłego miejsca w sercu starej Barcelony, które wtajemniczonym znane jest jako Cmentarz Zapomnianych Książek. Zgodnie ze zwyczajem Daniel ma wybrać, kierując się właściwie jedynie intuicją, książkę swego życia. Spośród setek tysięcy tomów wybiera nieznaną sobie powieść "Cień wiatru" niejakiego Juliana Caraxa. 

Zauroczony powieścią i zafascynowany jej autorem Daniel usiłuje odnaleźć inne jego książki i odkryć tajemnicę pisarza, nie podejrzewając nawet, iż zaczyna się największa i najbardziej niebezpieczna przygoda jego życia, która da również początek niezwykłym opowieściom, wielkim namiętnościom, przeklętym i tragicznym miłościom rozgrywającym się w cudownej scenerii Barcelony gotyckiej i renesansowej, secesyjnej i powojennej.