W ramach szkolnego kółka dziennikarskiego, Misia wraz z przyjaciółmi ma napisać artykuł o akcjach organizowanych przez czytelnię miejscowej biblioteki. Plany ulegają zmianie, gdy okazuje się, że w budynku biblioteki znajduje się strych, na którym podobno straszy… Dzieci postanawiają to sprawdzić. Idealna okazja nadarza się podczas Nocy Bibliotek, kiedy to wybierają się na wspólne nocowanie w bibliotece. Bardzo szybko okazuje się, że na strychu mieszka zbłąkana sowa. Misia zamierza pomóc puszczykowi. Zabiera rannego ptaka do kliniki dziadka Tadeusza, gdzie sowa na spokojnie może dojść do siebie.

„Sekrety biblioteki” to kolejny tom przygód Misi, w którym zamiast krótkich opowiadań znajduje się jedna, dłuższa historia, podzielona na rozdziały.