Tajemniczy ogród to zapomniany, zamknięty od 10 lat i otoczony murem zakątek wielkiego parku otaczającego posiadłość wujka Mary, Archibalda Cravena. Mimo zaniedbania i braku opieki, wciąż rosną w nim róże i inne wrażliwe, wymagające pielęgnacji kwiaty. Natura pokazuje swoją siłę, wystarczy odrobina starań, by rozkwitła pełnym blaskiem. Widoczne jest tu porównanie do sytuacji Mary - dziecka zaniedbanego pod względem rozwoju psychicznego i społecznego, które jednak, przy odrobinie poświęconej mu uwagi, potrafi zmienić się w osobę pełną radości życia.