W 1996 roku nieznany wirus zabił niemal 99% ludzkiej populacji. Nieliczni, którzy ocaleli zmuszeni są do życia pod powierzchnią globu. James Cole, skazaniec z przyszłości zostaje wysłany w przeszłość z zadaniem zdobycia informacji o źródłach epidemii i wyizolowania próbki tajemniczego wirusa (podobno za jego rozprzestrzenienie odpowiedzialna była Armia 12 Małp). Przez pomyłkę trafia on jednak do roku 1990, o sześć lat wcześniej niż zakładano. Zostaje tam aresztowany i osadzony w zakładzie psychiatrycznym. Spotyka tam Jeffreya Goinesa, obłąkanego syna znanego naukowca i znawcy wirusów...