Po zniknięciu Tobiasa, porwanego przez Rauperodena, Matt i Amber udają się do osady Piotrusiów, Edenu, żeby ostrzec radę miasta przed zbliżającą się nieuchronnie inwazją Cyników, do której podżega królowa Malroncja. Piotrusie nie mają wyboru: muszą albo walczyć, albo zginąć. Od tego, czy Eden ocaleje, zależy bowiem dalszy los dzieci oraz ich świata, zależy przyszłość całej planety. W przygotowaniach do wojny pomagają im własne przeobrażenia, czyli nadzwyczajne zdolności, jakie wyzwoliła w nich Burza.

Jądro Ziemi pokazuje, jak młodzi bohaterowie uczą się żyć we wspólnocie, uprawiać politykę, prowadzić wojnę i współistnieć w zgodzie z naturą. Kiedy Tobiasowi udaje się wyrwać z trzewi Rauperodena, zjednoczone na nowo Przymierze Trojga stawia czoło Cynikom i Żarłokom w bezlitosnej walce.