2 czerwca 1886 roku do księgi metrykalnej wpisane zostaje "niemowlęcie płci żeńskiej" urodzone w Warszawie 26 maja. "Opóźnienie sporządzenia aktu nastąpiło wskutek niedbalstwa rodziców".

Już ustalenie jej pochodzenia okazało się ogromnym wyzwaniem. W historii jej rodziny więcej jest znaków zapytania niż faktów. Nie wiadomo nawet, od kiedy rodzina zaczęła używać nazwiska Wilczyńscy.

Jej warszawskie adresy:  Świętojerska 16, Franciszkańska 2, Krochmalna 92 - niby istnieją, ale ulice biegną inaczej, a domy już dawno zniknęły. Wychowankowie zapamiętali, że była bezszelestna, pojawiała się nieoczekiwanie i tak samo znikała. I być może z tego samego powodu o niej zapomniano - zniknęła w cieniu Janusza Korczaka.

Emmanuel Ringelblum zapisał: "Współpracowali ze sobą przez całe życie. Nawet śmierć ich nie rozłączyła. Poszli razem na śmierć. Wszystko, co związane jest z osobą Korczaka - internat, propagowanie miłości do dzieci - wszystko jest wspólnym dorobkiem obojga". W książce Magdaleny Kicińskiej Stefania Wilczyńska wraca na swoje miejsce.